Het monografisch museum, midden op het terrein tussen het Griekse en Romeinse stadsdeel, toont niet alleen talrijke kunst- en gebruiksvoorwerpen die bij de opgravingen gevonden zijn, maar geeft ook een beeld van de ontstaansgeschiedenis van Empúries en van de opgravingen die in 1908 een aanvang namen.

Een van de tentoongestelde voorwerpen is een wit marmeren Hermes hoofd. Het stelt de god Dionysos (of Bacchus) voor. Het ornament werd pas recent (2005) op het Romeinse deel van het museumterrein gevonden. Het hoofd van Hermes, de beschermer van de reizigers, werd door de Grieken gebruikt als versiering van een pilaar die als richtingaanwijzer dienst deed, maar werd ook als decoratief ornament op een zuil in huizen en tuinen gebruikt.